從安裝方式來說，Mod可以分為以下三類：
當然，如果下載回來的Mod有安裝程式的話，直接執行安裝程式就可以了。另外，有少數的Mod有特殊的安裝法，請參照該Mod的說明檔案。
Big 檔案 Mod
所謂big檔案Mod，就是指下載回來的 Mod 包裝成一個檔案，檔名為 xxxxxxx.big。首先將big檔案放置到萬艦二安裝資料夾下面的Data資料夾中，然後在 homeworld2.exe 的路徑後面加入 -mod 參數，後面跟著 big 檔案的檔名。如下圖：
最後按下確定，點捷徑執行遊戲即可。注意 homeworld2.exe 的路徑最好用雙引號包起來，像是這樣：
"C:\Program Files\Sierra\Homeworld2\Bin\Release\Homeworld2.exe" -mod aff.big
可以避免一些問題。不需要Mod時直接把big檔案刪除，並且移除 -mod 參數。
未包裝成big檔案的Mod
有些Mod下載回來解壓縮開來會看見一大堆檔案。這時候先將這些檔案解到Data資料夾內，然後加上 -overridebigfile 參數，最後執行遊戲即可。如下圖。
要注意的是，如果已經有安裝過其他類似的Mod而沒有把檔案先清除的話，mod 之間有可能互衝而讓遊戲無法執行。同樣的，請用雙引號把 homeworld2.exe 的路徑包起來，把參數加在引號外面。
遊戲模式Mod(Game Rule Mod)
遊戲模式 Mod 不流行，所以不常見到。基本上 Gamerule Mod 會是一個單獨的檔案（其實就是 big 檔案，只是副檔名可能有所不同）如果知道下載回來的 Mod 是屬於 Game Rule Mod，將其放置於[萬艦二安裝資料夾]→[Bin]→[GAMERULES]資料夾即可，不用另外下參數。
