目前尋找 Mod 最好的方式是，透過 Steam 購買萬艦齊發重製版，然後透過 Steam Workshop 尋找並安裝想要的 Mod。
下面的清單作為歷史遺跡保留，不再更新。其中有些在重製版依然活躍，有些成為歷史的註腳。
附帶一提，如果安裝原版的萬艦二的 Mod，差不多所有的Mod都需要把萬艦升級到1.1版後才能正常運作。
Complex Mod：RN討論串、網站
這個名為「複雜」的Mod目的正是讓萬艦二變的複雜，須要更多遊戲時間，並且讓遊戲變的華麗，並增加大量的新功能與新船艦。注意，將Hw2.log檔案設成唯讀能夠大幅增進遊戲的效能。這個 Mod 的核心開發者後來有人加入了 Gearbox 的萬艦二重製小組。
Homeworld Remastered：ModDB、RN討論串
目標是把萬艦一代的戰役用二代的引擎重製，雖然 Gearbox 官方的重製版本也叫做 Homewordl Remastered 讓他們有點尷尬...
FX Mod：ModDB、RN討論串
從大陸 9CCN 論壇（網站已隨風而逝）起家的 Mod，特點是大量的可用種族跟新船艦，以及精細的模型與動畫。
Battlestar Galactica Fleet Commander：RN討論串、網頁
以科幻影集Battlestar Galatica 2003(台譯：2005星際大爭霸...的樣子)為主題的MOD。
Freespace: Fleet Command：ModDB
以縱橫太空(Freespace)為主題的Mod。
Star Trek: Continuum：ModDB、RN討論串
Star Trek 的 Mod。
Star Wars Warlord／Clone Wars：ModDB、網頁
星際大戰的 Mod。作者同時也參與了 Sins of a Solar Empire 的星戰 Mod，Sins of a Galactic Empire。
PDS Mod：ModDB、網站
原本只是為船艦加上 Point Defense System，後來演變成子彈滿天飛的華麗戰爭。
Gundam Seed Mod：ModDB、RN討論串
同樣是 9CCN 論壇起家的 Mod，以鋼彈 Seed 為背景
Gundam UC Mod：ModDB
同樣是 9CCN 論壇起家的 Mod，時代背景為0079~0083，鋼彈迷絕對不可錯過。3.0版內附繁/簡體中文跟英文的語言檔，也可以獨立下載繁體中文語言檔。
Gundam UC Mod：ModDB
同樣是 9CCN 論壇起家的 Mod，時代背景為0079~0083，鋼彈迷絕對不可錯過。3.0版內附繁/簡體中文跟英文的語言檔，也可以獨立下載繁體中文語言檔。
Angels Fall First：ModDB、RN討論串
一個野心勃勃的原創性MOD，故事和單位皆為自創，超級華麗的原創船艦為其特點。